Las rutas de comercio desarrolló la unión
del Aqaba con Arabia del Sur y Yemen, lo que hizo que la ciudad prosperara. Los
Nabateos poblaron la región extensivamente, atraídos por la estratégica posición
de comercio del Aqaba. En los tiempos Romanos, el gran Vía
Nova Triana bajó desde
Damasco hacia Ammán por el Aqaba, donde conecta con una carretera que conduce al
Oeste de Palestina y Egipto.
Los primeros días de la era Islámica
vieron la construcción de la ciudad de Ayla, que fue descrito por el geógrafo Shams Eddin Muqaddasi. Las ruinas de Ayla, desenterradas a mediados de los años 1980 por
un equipo arqueológico americano-jordano, está a unos pocos minutos al Norte de
lo largo de la carretera principal.
Los Cruzados ocuparon el área en el siglo
XII y construyeron su fortaleza de
Helim, que permanece relativamente bien conservada
hoy. La fortaleza Aqaba fue reconstruida en el siglo XIV por uno de los últimos
sultanes Mamluk, Qansah Al-Ghouri, y se ha transformado considerablemente varias
veces desde entonces. El Escudo de armas Hashemite fue colocado encima de la entrada
principal durante la Gran Rebelión árabe de la Primera guerra mundial, después de
que los turcos fueron expulsados de la ciudad. La fortaleza está abierta todos los
días y la entrada es gratuita.
Además de la construción de una fortaleza
dentro del Aqaba, los Cruzados fortificaron la pequeña isla de Isla de Graye, ahora
conocido como la Isla de Pharoah, aproximadamente siete kilómetros mar adentro.
La isla, que está ahora en agua territoriales egipcias, se puede visitar a través
de excursiones que salen desde el Hotel Aquamarina.
En 1170, tanto el Aqaba como la isla
habían sido conquistados por Salah
Eddin. Los Mamelucos asumierón en 1250, pero
a principios del siglo VI ellos habían sido conquistados por el Imperio Otomano.
La ciudad entonces disminuyó de categoria, y durante 400 años y tanto esta permaneció
como un simple pueblo de pescadores de poco significado. Durante la Primera guerra
mundial, sin embargo, se obligó que las fuerzas Otomanos se retiraran de la ciudad
después de la incursión por Lawrence de Arabia y las fuerzas árabes de Sharif Hussein. La captura del Aqaba ayudó a abrir líneas de abastecimiento desde Egipto hacia las
fuerzas árabes y británicas aún más lejos en el Norte de Palestina y Transjordania.
En 1965, el Rey Hussein cambió
6000 kilómetros cuadrados del desierto jordano con Arabia Saudí por otros 12 kilómetros
de la costa principal al Sur del Aqaba. Esto dio el único puerto de Jordania para
ampliarse y añadió el magnífico arrecife de coral
Yamanieh a la lista de tesoros
del Reino